去年年尾時(shí), 我于杭州濱江的一家生物公司擔(dān)任技術(shù)顧問(wèn), 我的主要職責(zé)是協(xié)助客戶優(yōu)化病原檢測(cè)流程。那段日子, 一位從事第三方醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)的友人——老周, 忽然打來(lái)了電話, 其語(yǔ)氣之中充斥著滿滿的焦灼, 老周焦急地說(shuō)起: “我這兒有一個(gè)臨床樣本, 需要進(jìn)行緊急篩查, 按照常規(guī)的PCR擴(kuò)增流程那得耗費(fèi)兩個(gè)多小時(shí), 可客戶催得特別急, 就跟催命似的, 你那邊有沒(méi)有什么能快速解決的方案呀? ”。
老周進(jìn)入行業(yè)五年之久, 于杭州一家公司擔(dān)任技術(shù)主管, 該公司主要從事呼吸道病原體檢測(cè)工作。他平常為人頗為穩(wěn)重, 然而那日卻著實(shí)著急了起來(lái)。我詢問(wèn)他具體狀況, 他聲言樣本抵達(dá)時(shí)間為下午四點(diǎn), 依據(jù)實(shí)驗(yàn)室既定規(guī)則, 當(dāng)天務(wù)必要出具報(bào)告, 可是常規(guī)PCR機(jī)器運(yùn)轉(zhuǎn)一輪需歷時(shí)兩小時(shí), 再加上核酸提取以及體系配制等環(huán)節(jié), 整套操作流程完成至少得花三小時(shí)?？蛻裟沁吥耸巧鐓^(qū)醫(yī)院, 正等著結(jié)果來(lái)開具處方, 耽擱不得。
我聽(tīng)完之后笑了, 然后跟他說(shuō)道: “你暫且先不要著急, 我這邊近段時(shí)間恰巧正好做了幾款快速PCR擴(kuò)增試劑盒的檢測(cè), 其成效比較不錯(cuò), 你是否想要嘗試一下呢? ”。
快速PCR擴(kuò)增試劑盒到底快在哪
關(guān)于老周將信將疑, 讓我簡(jiǎn)明扼要地說(shuō)說(shuō)在原理, 我告知他, 常規(guī)PCR擴(kuò)增要?dú)v經(jīng)變性、退火、延伸這三個(gè)溫度循環(huán), 每一步都得精確控溫和有足夠的時(shí)間, 常規(guī)流程大概需要90到120分鐘。進(jìn)而說(shuō)快速PCR擴(kuò)增試劑盒經(jīng)過(guò)優(yōu)化的DNA聚合酶和緩沖體系, 極大地縮短了延伸與退火的時(shí)間, 部分產(chǎn)品甚至能在25到30分鐘內(nèi)完成40個(gè)循環(huán)。
比如說(shuō), 有一款號(hào)稱“極致快速”的試劑盒, 它把用于延伸的時(shí)間, 從通常的三十秒, 縮減到了僅僅五秒, 其中退火的時(shí)間, 被管控在了十秒這個(gè)范圍以內(nèi), 從而使得整一輪的擴(kuò)增時(shí)間, 徑直削減了三分之二。我一邊說(shuō)著, 一邊把以前測(cè)試得出的對(duì)比數(shù)據(jù)發(fā)送給他看。老周看完之后, 沉默了足足五秒鐘, 然后說(shuō)道: “那么我明天便拿樣本去嘗試一番?！?。
快速PCR擴(kuò)增試劑盒會(huì)不會(huì)影響準(zhǔn)確性
第二個(gè)天的下午時(shí)分, 老周帶著幾個(gè)臨床拭子的樣本, 跑到了我的實(shí)驗(yàn)室。他講說(shuō), 他心里最為擔(dān)心的是, 快歸快, 然而擴(kuò)增效率會(huì)不會(huì)出現(xiàn)打折的情況。假陰性的風(fēng)險(xiǎn)會(huì)不會(huì)有所升高。這是許多一線檢測(cè)人員對(duì)于快速PCR擴(kuò)增試劑盒的普遍存在的顧慮。
我叫他別急于下結(jié)論, 我們把常規(guī)試劑盒與快速試劑盒一塊兒跑了一組梯度稀釋的標(biāo)準(zhǔn)品, 結(jié)果示出, 針對(duì)高拷貝數(shù)的陽(yáng)性樣本, 兩者的Ct值差不多是一樣的, 對(duì)于低濃度樣本, 快速試劑盒的Ct值稍微高0.5到1個(gè)循環(huán), 不過(guò)依舊能夠穩(wěn)定檢測(cè)出來(lái), 靈敏度沒(méi)有顯著降低。
“你瞧, 這東西可不是僅僅圖速度快, 在技術(shù)層面是具備底氣的?！蔽覍?duì)著電腦屏幕上的擴(kuò)增曲線, 向他指示著說(shuō)道。老周這才安心下來(lái), 當(dāng)場(chǎng)做出決定, 要在實(shí)驗(yàn)室里于小范圍試試使用。
快速PCR擴(kuò)增試劑盒適合哪些場(chǎng)景
一周時(shí)間試用完畢過(guò)后, 老周借助微信發(fā)給我一則語(yǔ)音消息, 說(shuō)道: “兄弟, 這試劑盒的味道可真是香得很?！彼€向我講述, 他們所在的實(shí)驗(yàn)室當(dāng)下主要是將快速PCR擴(kuò)增試劑盒運(yùn)用在兩個(gè)不同的場(chǎng)景之中, 一個(gè)方面是急診樣本, 就比方說(shuō)是處于流感季節(jié)時(shí)發(fā)熱門診那兒的樣本, 這類情況要求在兩小時(shí)以內(nèi)得出結(jié)果；另一個(gè)場(chǎng)景是小批量樣本, 就像僅僅只有兩三個(gè)樣本的時(shí)候, 如果啟動(dòng)常規(guī)PCR機(jī)開展工作實(shí)在太浪費(fèi)了, 但使用快速方案半個(gè)小時(shí)就能夠完成工作, 效率實(shí)現(xiàn)了翻倍。
不過(guò)他還講了, 針對(duì)于那種批量數(shù)量大、樣本狀況穩(wěn)定的常規(guī)篩查情形, 就像入職體檢之時(shí)呈現(xiàn)出的一批次樣本情況, 快速試劑盒所具備的優(yōu)勢(shì)便沒(méi)那么顯著突出了, 反倒常規(guī)試劑盒在成本這一方面顯得更為經(jīng)濟(jì)劃算。我是認(rèn)可他所做出的這種判斷的: “快速 PCR 擴(kuò)增試劑盒屬于工具范疇, 并非是能夠包治百病的萬(wàn)能特效藥物, 必須得應(yīng)用在關(guān)鍵點(diǎn)上?！薄?/p>
快速PCR擴(kuò)增試劑盒選型要注意什么
今年三月來(lái)臨之際, 老周作出決定, 要將快速試劑盒正式歸入實(shí)驗(yàn)室的常備方案之內(nèi)。在進(jìn)行選型期間, 他向我詢問(wèn)了三個(gè)問(wèn)題: 其一, 關(guān)于兼容性這方面怎么樣, , 究竟可不可以直接運(yùn)用在他們當(dāng)前所具備的ABI及Bio-Rad機(jī)器上面；其二, 涉及試劑盒的保質(zhì)期以及運(yùn)輸條件, 畢竟而言, 快速試劑盒的酶活性常規(guī)狀況下是更高一點(diǎn)的, , 針對(duì)于其保存所提出的要求也是更為嚴(yán)格的；其三, 供應(yīng)商可不可以給予可靠穩(wěn)定的批次一致性，以此來(lái)防止在更換批號(hào)之后出現(xiàn)相應(yīng)結(jié)果偏差的情況。
我依照這幾個(gè)維度為他挑選出了三款處于市面上主流地位的快速PCR擴(kuò)增試劑盒, 逐個(gè)進(jìn)行了平行測(cè)試。最終他選定了那款在退火溫度寬容度方面呈現(xiàn)最佳表現(xiàn)的試劑盒, 是由于他們所擁有的樣本其來(lái)源繁雜多樣, 核酸純度存在較大波動(dòng)，而寬容度較高的試劑盒能夠降低重復(fù)檢測(cè)的概率。
快速PCR擴(kuò)增試劑盒的使用體驗(yàn)
上周五, 我去到老周的那個(gè)實(shí)驗(yàn)室去串門, 當(dāng)時(shí)他恰好是在處理一批從社區(qū)醫(yī)院給送來(lái)的咽拭子樣本, 他很是熟練地配好了體系, 之后放入到機(jī)器里面去, 然后指著在屏幕上倒計(jì)時(shí)的進(jìn)度條對(duì)我說(shuō), 以前在這個(gè)時(shí)候我是要守著機(jī)器在那里干等著的, 現(xiàn)在則能夠同時(shí)去處理下一批樣本, 時(shí)間的利用率要高很多。
他提及了一個(gè)細(xì)節(jié), 快速PCR擴(kuò)增試劑盒說(shuō)明書所寫極為細(xì)致, 涵蓋熱蓋溫度建議設(shè)置, 反應(yīng)體積推薦范圍表述, 甚至退火時(shí)間微調(diào)查明, 被標(biāo)注以。在他實(shí)驗(yàn)室那新請(qǐng)來(lái)的實(shí)習(xí)生依照此進(jìn)行操作, 首輪跑出的結(jié)果頗為穩(wěn)定, 基本無(wú)需老手親自指導(dǎo)。
笑著回應(yīng)他的我說(shuō)道: “這般情形下你所做這一切能不能算做是技術(shù)將生產(chǎn)力予以解放? ”老周點(diǎn)頭, 而后說(shuō)道: “是算的, 起碼當(dāng)下我已無(wú)需每日都加班直至晚上九點(diǎn)了?！?。
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